當前，交叉科學部官網頁面包括五個部分：“學部概況”、“機構設置”、“工作動態”、“學部黨建”、“交叉論壇”。
學部簡介
經中央編辦復字〔2020〕46號文件批準，國家自然科學基金委員會于2020年11月成立交叉科學部，負責統籌國家自然科學基金交叉科學領域整體資助工作；組織擬定跨科學部領域的發展戰略和資助政策；提出交叉科學優先資助方向，組織編寫項目指南；負責受理、評審和管理跨學部交叉科學領域項目；負責相關領域重大國際合作研究的組織和管理；負責相關領域專家評審系統的組織與建設；承擔交叉科學相關問題的咨詢。
交叉科學部以重大基礎科學問題為導向，以交叉科學研究為特征，統籌和部署面向國家重大戰略需求和新興科學前沿交叉領域研究，建立健全學科交叉融合資助機制，促進復雜科學技術問題的多學科協同攻關，推動形成新的學科增長點和科技突破口，探索建立交叉科學研究范式，培養交叉科學人才，營造交叉科學文化。
交叉科學部設有綜合與戰略規劃處以及四個科學處。
官網顯示，陳擁軍任交叉科學部常務副主任。
1. 綜合與戰略規劃處
負責組織相關專家和科學處進行交叉學科戰略研討；制訂項目資助和學科發展戰略；統籌各類基金項目與行政經費的年度預算、資源配置和資助計劃等；負責科學部各類項目的綜合管理；制訂交叉科學研究的評價機制及管理辦法；負責科學部信息與網絡建設、政務管理和運行保障等；承辦科學部領導交辦的其他任務。
2. 交叉科學一處（物質科學領域）
基于數學、物理、化學等基礎學科的交叉科學研究，面向國際科學前沿和國家重大需求，解決信息、生命、材料、能源、環境等領域的核心基礎科學問題，取得重大突破或形成新的交叉學科增長點。
3. 交叉科學二處（智能與智造領域）
基于大數據、人工智能、網絡空間、信息技術等領域的交叉科學研究，面向國家重大需求和經濟主戰場，解決我國經濟轉型過程中與復雜系統相關的控制工程、精密制造、先進智造等關鍵科學與技術問題以及工程與制造領域中的重大瓶頸問題。
4. 交叉科學三處（生命與健康領域）
基于理學、工學、醫學等領域的交叉科學研究，面向人民生命健康，揭示生命現象背后的科學原理，闡明與生命、健康相關的復雜系統多層次作用機制，應對人類健康與疾病防治中的重大挑戰。
5. 交叉科學四處（融合科學領域）
基于自然科學與人文、社會、管理等領域的交叉科學研究，圍繞宏觀復雜系統以及經濟發展過程中的資源開發利用、生態文明建設、人居環境提升等問題，探究人類文明演化的自然規律和歷史嬗變的科學成因、自然與社會的互饋機制、人地系統的動態結構等，解決人類可持續發展中的重大科學問題。
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